PPN zajmuje najcenniejsze pod względem krajobrazowym i przyrodniczym obszary Pienin Właściwych: Masyw Trzech Koron, Pieniny Czorsztyńskie, Pieninki, Przełom Dunajca. Z Pienin Spiskich włączone zostały w obszar parku tylko Zielone Skałki. Ma najwyższy wśród wszystkich polskich parków narodowych wskaźnik nasilenia ruchu turystycznego w przeliczeniu na 1 ha powierzchni. Dla turystów udostępniono 35 km szlaków. Zalicza się do nich również stanowiący atrakcję na skalę europejską spływ tratwami przełomem Dunajca (jego trasę można przejść także pieszo Drogą Pienińską). Dla turystów przygotowano galerie widokowe na Trzech Koronach i Sokolicy. Atrakcją turystyczną jest również Zamek w Czorsztynie.Urozmaicona rzeźba terenu, różnorodność siedlisk i mikroklimatów, długa historia rozwoju tutejszej flory, spowodowały, że mimo niewielkiej powierzchni parku jego flora jest bardzo ciekawa i zróżnicowana. Najciekawsza roślinność występuje w Masywie Trzech Koron z Wąwozem Szopczańskim i na niedostępnej północnej ścianie Smolegowej Skały.
